Le toponyme dérive traditionnellement d'une pergola qui ornait l'ancienne entrée d'une église du village, Santa Maria della Pergola. Mais une autre thèse soutenue veut que Pergola soit ce territoire, atteint par une « gorge », habité depuis la préhistoire par les Celtes, les Gaulois et les Romains.

La ville de Pergola possède deux mille ans d'histoire, de l'âge des bronzes dorés à nos jours. C'est un village riche en histoire, culture, art, goût et hospitalité. Dans un territoire habité depuis la préhistoire, avec des traces de populations successives (Celtes, Gaulois et Romains), la datation de sa fondation fait l'objet de disputes entre historiens : il y en a qui fixent sa naissance à 1234, date certaine de sa fortification , il y a ceux qui, au lieu de cela, la thèse dominante, font remonter l'origine à plusieurs siècles plus tôt.

Pergola prend sa source au confluent de la rivière Cinisco dans le Cesano, qui domine la vallée jusqu'à la mer.